L'ultimo messaggio lanciato dall'unita riferiva che era "entrata acqua dallo snorkel (la presa d'aria che in immersione alimenta i motori diesel) e che le batterie erano andate in corto e si era sviluppato un incendio".
Poco dopo i sismosgrafi oceanografici nell'Atlantico meridionale registrarono una potente deflagrazione, causata o dall'implosione del San Juan, per un cedimento strutturale a grandi profondità o per l'esplosione dei siluri a bordo.
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