El argentino abrió el marcador a los 45' tras combinar con el uruguayo Luis Suárez y puso cifras definitivas a los 69' con un zurdazo cruzado que dejó inmóvil a Gianluigi Buffon, a quien nunca le había podido anotar hasta hoy.
El croata Ivan Rakitic había ampliado la ventaja a los 57' para el club catalán, que ahora comanda el Grupo D junto al Sporting de Lisboa, que venció por 3-2 de visitante al Olympiakos en Grecia.
Messi llegó a su gol número 96 en Champions, nueve menos que el portugués Cristiano Ronaldo, máximo artillero histórico del torneo que mañana debutará con Real Madrid, que iniciará la defensa de su doble corona como local del Apoel Nicosia.
El astro argentino, que fue amonestado, jugó todo el partido junto a Suárez, a quien le anularon un gol por fuera de juego a los 79', mientras que el brasileño Paulinho ingresó a los 77'.
Los también brasileños Douglas Costa y Alex Sandro fueron titulares en Juventus con el uruguayo Rodrigo Bentancur (amonestado y reemplazado a los 63') y los argentinos Paulo Dybala y Gonzalo Higuaín (sustituido a los 87').
El equipo italiano, subcampeón del torneo y derrotado por Barcelona en la final de la Champions 2014-15, estuvo lejos de incomodar al Barcelona y registró apenas una ocasión de peligro, aunque el zurdazo de Dybala resultó desviado a los 47'.
Mucho mejor le fue al brasileño Neymar en su debut en el torneo con PSG, pues abrió la cuenta de lo que terminó siendo un categórico 5-0 sobre Celtic en Glasgow.
Neymar, que también había debutado en redes europeas con Barcelona ante Celtic, marcó a los 19', mientras que el otro gran refuerzo del PSG, el juvenil Kylian Mbappé, amplió a los 34', seis minutos antes del primer gol de Edinson Cavani.
El delantero uruguayo marcó el tercero, de penal, y luego selló un doblete a los 84', dos minutos después que Mikael Lustig anotara el 4-0 al enviar el balón dentro de su valla ras un centro desde la derecha del alemán Julian Draxler.
Cavani estableció en Escocia un nuevo récord para PSG, pues llegó a 21 goles en la "Champions", uno más de los que el sueco Zlatan Ibrahimovic registró en el torneo con el club francés.
PSG comparte el primer puesto del Grupo B con Bayern Munich, que también goleó, pero 3-0 y de local al Anderlecht belga con redes del polaco Robert Lewandowski (12', de penal), del español Thiago Alcántara (65') y Joshua Kimmich (90').
El equipo bávaro se recuperó, tras una inesperada caída en la Bundesliga, ante un Anderlecht que jugó casi todo el partido con un hombre menos por expulsión de Sven Kums a los 11'.
También goleó por 3-0 y de local Manchester United, que superó sin problemas en Old Trafford al Basilea suizo con redes de los belgas Marouane Fellaini (35') y Romelu Lukaku (53') y una del juvenil Marcus Rashford (84').
Los "Diablos Rojos", que retornaron a la "Champions" luego de dos años, comandan el Grupo A junto al CSKA de Moscú, que sorprendió al vencer por 2-1 en Portugal al Benfica.
Mucho mejor le fue al otro equipo inglés que tuvo acción en la jornada inaugural de la fase de grupos de la "Champions", pues Chelsea arrolló por 6-0 de local al azerí Qarabag.
Los españoles Pedro (5') y César Azpilicueta (55'); el italiano Davide Zappacosta (30'); el francés Tiemoué Bakayoko (71') y el belga Michy Batshuayi (76 y 82') marcaron los goles de los "Blues" en Stamford Bridge.
El campeón de la Premier League aprovechó para quedar solo al tope del Grupo C porque Roma y Atlético Madrid empataron sin goles en la capital italiana en el otro duelo de la zona.
El programa de la primera fecha de la fase se grupos se completará mañana, cuando comenzarán las zonas E, F, G y H con ocho partidos, entre los cuales el debut del bicampeón defensor, Real Madrid, que recibirá al Apoel Nicosia.
Resultados del día:
Grupo A: Benfica 1 - CSKA Moscú 2 y Manchester United 3 - Basilea 0.
Grupo B: Celtic 0 - PSG 5 y Bayern Munich 3 - Anderlecht 0.
Grupo C: Roma 0 - Atlético Madrid 0 y Chelsea 6 - Qarabag 0.
Grupo D: Barcelona 3 - Juventus 0 y Olympiakos 2 - Sporting Lisboa 3
Partidos de mañana:
Grupo E: Liverpool-Sevilla y Maribor-Spartak Moscú.
Grupo F: Shakhtar-Nápoles y Feyenoord-Manchester City. Grupo G: Porto-Besiktas y Leipzig-Mónaco.
Grupo H: Real Madrid-Apoel y Tottenham-Borussia Dortmund. (ANSA).